是的，在南洋理工大学攻读博士学位必须完成一篇毕业论文。根据《南洋理工大学研究生教育条例》（2016年修订版）的规定，“所有申请颁发博士学位者必须完成一份独立的、原创性的、有价值的研究成果（通常为一篇论文）”。