生态学在养殖生产中的应用是利用有限的资源，尽可能有效地管理和利用养殖水体，以保证养殖产业的可持续发展。通过对各类鱼类、水草、海藻、海底动物、海水微生物以及海水本身进行系统考察，分析形成各元素之间相互作用，并利用定量分析方法，找出最佳匹配的原理来优化养殖条件。同时，根据生态学原理，将加强监测和评估多样性生物资源的情况；保证风险预警和决策。