太平天国运动对包村起义的镇压是极其严厉的。1853年，由秦桧领导的包村起义受到了清朝官方力量的全面压制。秦桧本人也在1854年被处死，而数以万计的参与者遭受了各种惩罚，其中包括流放、斩首、凌迟、削发以及强制改宗。