使用Windows搭建服务器的缺点：

1. 相对于Linux而言，Windows的安全性较差。
2. 具有更高的成本，因为必须付费购买Windows服务器操作系统。
3. Windows可能会出现内存泄漏问题。
4. Windows Server中文件夹权限不够安全。
5. 支持性可能不够好，尤其是在国外开发者中。

使用Linux搭建服务器的缺点：

1. Linux相对于Windows而言，命令行略显复杂难学习。
2. Linux的各版本之间的差异很大，在部分应用上会遇到兼容性问题。
3. Linux上运行一些特定应用时可能会遇到依赖包冲突问题。
4. 在一些Linux版本上准备都必要手动升级内核才能保证正常运行情况下各个应用都正常工作