流行病学期末考试应包括的内容主要有：

1. 流行病学基础理论：了解流行病学的历史、定义、基本原理、概念及相关的数据分析方法。
2. 流行病学相关方法：包括传播链分析、因子分析以及不同地区流行病的对比分析。
3. 地理信息系统在流行病学中的应用：了解GIS在流行病防制中的作用以及相关工具。
4. 流行病防制：了解常规预防手段和特定预防手段如何应用在不同流行情况下以减少传播风险。