SERS基底芯片检测食品添加剂的原理是利用表面等离子体共振（SERS）作为一种特异性的光谱分析方法来实现食品添加剂的快速、准确地检测。它是一种采用表面敏感性核壳近场扫描（SNOM）或表面增强拉曼散射（SERS）来识别不同物质的方法。

当以适当的能量将受测物质与SERS基底相关联时，会产生显著不同于未受影响化学体的信号。这些信号包含了有关化学体在表面上形成分子团中特定原子-原子之间相互作用以及相对于单个原子-原子之间能量差异的信息。这就使得SERS能够快速、准确地识别出不同食品中所含有的食品添加剂。