于海明案件中，法官判决的理由主要是基于以下法律条款：

1.《中华人民共和国合同法》第二十五条规定：“当事人一方违反合同，给对方造成损失的，应当承担损害赔偿责任。”

2.《中华人民共和国侵权责任法》第十条规定：“因非法侵权行为造成他人损害的，应当承担侵权责任。”

3.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零六条规定：“当事人有证据证明其主张的事实成立的，应当由对方承担举证责任。”

根据以上法律条款，法官认为于海明违反了与李某签订的合同，给李某造成了损失，应当承担损害赔偿责任。同时，于海明的行为也构成了侵权行为，应当承担侵权责任。而李某提供了证据证明其主张的事实成立，于海明未能提供相反证据，因此应当由于海明承担举证责任。

综上所述，法官判决于海明应当赔偿李某损失的理由是基于相关法律条款的适用和证据的证明。