辅仁药业曾经存在以下内部控制问题：

1. 财务管理方面存在问题：公司财务管理不规范，会计核算不准确，存在虚增利润、虚列应收账款等问题。
2. 内部审计方面存在问题：公司内部审计制度不健全，审计人员素质不高，审计工作不到位，存在漏洞和疏漏。
3. 人事管理方面存在问题：公司人事管理不规范，存在人事档案不完整、员工考勤不规范等问题。
4. 采购管理方面存在问题：公司采购管理不规范，存在采购程序不严格、采购合同不规范等问题。
5. 生产管理方面存在问题：公司生产管理不规范，存在生产计划不合理、生产过程不规范等问题。

以上是辅仁药业曾经存在的一些内部控制问题，公司已经采取措施加以改进和完善。