未使用有证医疗器械的医疗机构将被处以行政处罚。根据《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国药品管理法》、《中华人民共和国医疗机构管理条例》及相关法律法规，对使用无证或者过期证书的医疗器械的医疗机构，将依法予以行政处分： 一是责令限期整顿；二是吊销执业许可证或者临时执业许可证。此外，如存在违反相关食品安全、药物安全、劳动保障以及行业标准之情形，将依法予以行政处分。