以下是使用C语言编写的代码，用于计算子矩阵的颜色种类数：

#include <stdio.h>

#define MAX_SIZE 100

int countColors(int matrix[MAX_SIZE][MAX_SIZE], int startRow, int endRow, int startCol, int endCol) {
    int colors[3] = {0}; // 用于记录红、绿、蓝三种颜色的计数
    int colorCount = 0; // 颜色种类数

    for (int i = startRow; i <= endRow; i++) {
        for (int j = startCol; j <= endCol; j++) {
            int color = matrix[i][j];
            colors[color - 1] = 1; // 将对应颜色的计数置为1
        }
    }

    for (int i = 0; i < 3; i++) {
        colorCount += colors[i]; // 统计颜色种类数
    }

    return colorCount;
}

int main() {
    int matrix[MAX_SIZE][MAX_SIZE];
    int n, m; // 矩阵的行数和列数
    int q; // 询问次数

    printf("请输入矩阵的行数和列数：");
    scanf("%d %d", &n, &m);

    printf("请输入矩阵的元素（红色：1，绿色：2，蓝色：3）：  
");
    for (int i = 0; i < n; i++) {
        for (int j = 0; j < m; j++) {
            scanf("%d", &matrix[i][j]);
        }
    }

    printf("请输入询问次数：");
    scanf("%d", &q);

    for (int i = 0; i < q; i++) {
        int startRow, endRow, startCol, endCol;
        printf("请输入第%d次询问的子矩阵的左上角和右下角坐标：", i + 1);
        scanf("%d %d %d %d", &startRow, &startCol, &endRow, &endCol);

        int colorCount = countColors(matrix, startRow, endRow, startCol, endCol);
        printf("第%d次询问的子矩阵的颜色种类数为：%d  
", i + 1, colorCount);
    }

    return 0;
}

这段代码首先会读取矩阵的行数和列数，然后读取矩阵的元素（红色：1，绿色：2，蓝色：3）。接下来会读取询问次数，并依次读取每次询问的子矩阵的左上角和右下角坐标。最后，通过调用countColors函数计算子矩阵的颜色种类数，并输出结果。

注意：为了简化代码，这里假设输入的矩阵大小不超过100x100。如果需要处理更大的矩阵，请根据实际情况修改MAX_SIZE的值。