个人独资企业在登记成立和清算债务时，家庭共有财产方面可能遇到以下问题：

1. 资产界定不清：在家庭共有财产中，各成员对资产的权属和价值可能存在争议。这可能导致企业在设立和清算过程中，资产分配不均或者无法按照法定程序进行清算。
2. 资产评估困难：由于家庭共有财产涉及多个成员，资产评估可能变得复杂且难以确定。在企业清算过程中，资产估值的不准确可能导致债权人权益受损或者企业无法顺利清算。
3. 债务承担问题：个人独资企业在成立过程中，各成员需要对企业的债务承担责任。如果家庭共有财产中的某些资产被用于偿还企业债务，可能会导致其他家庭成员的权益受损。
4. 税收问题：在企业清算过程中，家庭共有财产可能会涉及到税收问题。各成员需要了解相关税收政策，确保企业在合法合规的前提下进行清算。
5. 法律风险：家庭共有财产在企业清算过程中可能面临法律纠纷。各成员需要了解相关法律法规，确保企业在合法合规的前提下进行清算。

为了避免这些问题，建议在设立个人独资企业前，各成员就家庭共有财产的权属、价值等问题进行充分沟通和协商。同时，可以寻求专业律师的帮助，确保企业的设立和清算过程符合法律规定。