我国产业体系的短板主要包括以下几个方面：

1. 部分产业的依存度较大，整体而言，中国制造业和产业链优势更多体现在总体规模和布局等方面，在全员劳动生产率、研发投入强度、标志性产业的产业集中度等方面跟美国、日本、德国的制造业还有不小的差距。
2. 在一些产业和领域，产业基础(包括高端装备、核心零部件、基础研究等)还很薄弱，关键核心技术受制于人，产业风险不容忽视。
3. 现代服务业既是我国产业体系的短板，也是产业结构优化升级的方向。我国无论在生产性服务业还是生活性服务业方面都需要补课。
4. 科技创新能力不足已成为制约高质量发展的突出短板。现代化经济体系的主要特征是创新驱动，科技创新能力的高低决定了经济发展质量。