反式脂肪酸的来源有两种：天然来源和人工来源。天然来源是指一些食草动物体内会产生天然的反式脂肪酸，因此在牛羊肉、奶及乳制品中会有很少量的天然反式脂肪酸。人工来源是指食品工业中会通过向植物油中加氢，以改善其特性(包括熔点、口味、保质期等)。加氢使植物油变得“更饱和了一些”，但还没有完全吃饱，变成饱和脂肪酸。在这一加氢过程中，会产生反式脂肪酸。另外，在食物的油炸等烹饪过程中，也会产生反式脂肪酸 。