选择培养基是指根据某种(类)微生物特殊的营养要求或对某些特殊化学、物理因素的抗性而设计的，能选择性区分这种(类)微生物的培养基。利用选择性培养基，可使混合菌群中的某种(类)微生物变成优势种群，从而提高该种(类)微生物的筛选效率。

在分离不同微生物时，选择培养基的选择依据主要有两种：一是根据微生物的特殊营养要求，如以纤维素为唯一碳源的培养基可用于筛选纤维素降解菌；二是根据微生物对某些特殊化学、物理因素的抗性，如无氮培养基只能供有固氮能力的菌生长，是固氮菌的选择性培养基；pH5.0〜5.5的培养基有利于真菌的生长，而中性或微碱性的培养基对细菌和放线菌生长更有利；在培养基中加入特定的染料或抗生素抑制某些菌的生长，也可提高培养基的选择性。