我国产业体系建设存在的主要短板包括：传统产业转型滞缓与新兴产业发展不充分，企业规模过小、结构单一，金融支持转型发展不够，企业附加值低，缺乏核心竞争力等。解决措施包括：加强政策引导，推动传统产业转型升级；加大科技创新投入，培育新兴产业；加强金融支持，提高企业融资能力；加强人才培养和引进。