我国现代产业体系建设还存在的短板包括：传统产业转型滞缓与新兴产业发展不充分,制造业高端化、智能化、绿色化发展不足。此外，我国现代化产业体系的建设还需要加强自主创新能力，提高核心技术的自主研发能力。