保健食品的三类制造加工技术包括：1. 传统工艺；2. 现代工艺；3. 生物工程。其中，传统工艺是指利用传统的食品加工方法，如发酵、提取、蒸馏等，进行保健食品的生产。现代工艺是指利用现代化的设备和技术，如超临界流体萃取技术、微波萃取等，进行保健食品的生产。生物工程是指利用生物技术，如基因重组、细胞培养等，进行保健食品的生产。