制药工程专业毕业后的职业去向包括药品的创新性研究和新产品开发；国内外制药新技术的转化、使其地方化、产业化；产品进行技术改造、工艺研究、质量控制等；报考生物技术、药学及相关专业的研究生。

主要就业领域包括：研发人员——在药厂、大学、研究所的研究部门，从事药物研发工作；生产、技术人员——在药厂，从事药品生产、技术工作；质量管理人员——在药厂，从事药品质量管理工作；市场营销人员——在医药企业，从事市场调研、市场营销等工作。