我国现代化产业体系的短板主要包括以下几个方面：传统产业转型滞缓与新兴产业发展不充分，企业规模过小、结构单一，金融支持转型发展不够，企业附加值低，缺乏核心竞争力等。此外，还有一些其他的问题，如技术创新能力不足、人才短缺等。