水稻种子在42摄氏度的浸泡会影响发芽率。如果在42℃的条件下浸泡，会使米粒中的发芽酶活性减弱，从而降低发芽率。因此，为了保证水稻的发芽效果，最好不要将其浸泡在42℃以上的水中。