我国产业体系建设存在的短板主要包括以下几个方面：

1. 传统产业转型滞缓：随着全球经济的发展和科技的进步，传统产业面临着巨大的转型压力。但由于各种原因，如技术、资金、人才等，一些传统产业的转型进程相对滞缓，难以适应新的市场需求和技术发展趋势。
2. 新兴产业发展不充分：尽管新兴产业如互联网、新能源、生物技术等在全球范围内都有着广阔的发展空间，但在我国，这些产业的发展仍然不够充分，存在一定的差距。
3. 技术创新能力不足：在全球经济一体化的背景下，技术创新已经成为推动产业发展的关键因素。但我国在某些领域的技术创新能力仍然不足，需要进一步加强技术研发和创新。
4. 产业链条不完整：产业链条的完整性对于产业的稳定和发展至关重要。但在我国，部分产业链条仍然存在断裂或不完整的情况，这限制了产业的高效运行和持续发展。
5. 区域发展不平衡：我国的地域面积辽阔，经济发展水平存在明显的地域差异。这种区域发展的不平衡性也反映在产业体系的建设中，一些地区的产业发展相对滞后。

为了解决上述问题，我国已经采取了一系列措施，如“补短板、锻长板加快建设现代化产业体系——暨地方产业科技提升服务行动”，旨在推动全国创新资源与地方产业布局和高质量发展深度结合。