山东省农村土地利用存在的问题主要有以下几个方面：

1. 土地资源总量不足，人均占有率低：山东省总面积为15.7万平方公里，占全国总面积的1.2%。虽然土地面积在全国排名前列，但人口众多，人均占有率较低。据统计，截至2019年底，山东省总人口为1.003亿人，占全国总人口的7.1%。人均土地面积为1.14亩，远低于全国平均水平。这导致了山东省土地资源供需矛盾日益突出，土地资源紧张已成为制约经济社会发展的重要因素。
2. 耕地资源减少，质量下降：近年来，随着农业产业结构的调整和城市化进程的加快，山东省耕地面积逐年减少。根据统计数据显示，截至2019年底，山东省耕地面积为1.06亿亩，较2000年减少了约300万亩。与此同时，耕地质量也呈现出下降趋势。
3. 农村土地流转问题：近年来，山东省农村土地流转工作一直走在全国前列。但由于部分农民法律意识淡薄或熟人之间碍于情面等原因，在土地流转过程中仍存在不规范的行为。例如，流转双方忽略了签订合同的重要性，只进行口头协定，导致农民流转权益难以保障。此外，流转规模小、时间短也阻碍了流转效益的提升。
4. 农村土地集约化管理制度落后：我国现行农村土地管理制度采用“条块结合，以块为主”的原则，由当地政府牵头，根据国家的经济政策方向，对不同区域的农村土地实行科学规划和整理。但这一制度在实际执行中仍存在一些问题，如土地交易机制不完善，土地划分存在矛盾等。

综上所述，山东省农村土地利用存在的问题涉及多个方面，需要综合考虑政策、制度和技术手段，确保土地资源的合理、高效和可持续利用。