山东省农村土地利用存在的问题主要有：

1. 流转行为不规范，农民利益缺乏保障。在土地流转过程中，由于部分农民法律意识淡薄或熟人之间碍于情面等原因，存在流转双方不遵循规定的程序进行交易、签署手续不规范、条款不完备的书面协议等不规范的行为。这不仅导致农民流转权益难以保障，流出户流转积极性降低，还使得土地流转进程缓慢。
2. 流转规模小、时间短，流转效益提升受阻。
3. 闲置低效用地盘活利用面临的问题。
4. 农业农村发展中存在的稳定粮食生产、资源环境约束、保障农民持续增收等问题。

为解决上述问题，山东省已制定了《“十四五”推进农业农村现代化规划》和《山东省国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》，旨在加快全省农业农村现代化，推进农业高质高效、乡村宜居宜业、农民富裕富足。