微山湖的名称由来有多种说法。其中一种说法是，微山湖是因为微山岛而得名的。微子墓在微山岛西北部的一个小山上，这座山因微子墓而得名微山，湖又因山取名微山湖，县因微山而冠名为微山县。另一种说法是，微山湖的形成是在四亿年前，华北地区整体下降为浅海和湖沼。狭义上，微山湖是指1960年在湖腰建成了拦湖大坝南的下级湖，同昭阳湖、独山湖和南阳湖构成广义微山湖。