羰基可以作为氨基的保护基。在合成反应中，伯胺、仲氨、咪唑、吡咯、吲哚和其他芳香氮杂环中的氨基往往是需要进行保护的。常见的氨基保护基有烷氧羰基类保护基，如苄氧羰基（Cbz）、叔丁氧羰基（Boc）、笏甲氧羰基（Fmoc）、烯丙氧羰基（Alloc）、三甲基硅乙氧羰基（Teoc）、2,2,2-三氯乙氧羰基（Troc）等。这些保护基的选择需要考虑到所有的反应物、反应条件及所涉及的反应过程中会涉及的底物中的官能团等。例如，苄氧羰基（Cbz）是1932年Bergmann发现的一个很老的氨基保护基，但其优点在于：试剂的制备和保护基的导入都比较容易；N-苄氧羰基氨基酸和肽易于结晶而且比较稳定；苄氧羰基氨基酸在活化时不易消旋；能用多种温和的方法选择性地脱去。