理论基础：

1. 法人治理结构理论：该理论认为，企业应当建立起一套有效的法人治理结构，以保障企业的经营决策科学、合理，并能够有效地监督和约束经营者的行为。在国企医院改制的过程中，建立起法人治理结构是必要的一步。
2. 股权激励理论：该理论认为，通过给予管理层和职工一定的股权，可以激发他们的工作积极性和创造性，从而提高企业的经营效率。然而，如果股权分配不合理，或者经营者没有按照承诺出资，就可能导致企业经营不善。

问题：

1. 股权分配不合理：在医院改制过程中，股权分配可能没有充分考虑到各方的利益，导致经营者没有按照承诺出资，从而影响了医院的运营。
2. 管理混乱：医院在改制后，可能存在管理混乱的问题，如人员流失、设备简陋、建筑物陈旧等，这些问题都反映出医院在管理上存在问题。

对策：

1. 优化股权结构：医院应该重新审视其股权结构，确保各方的利益得到合理的保障。同时，也需要加强对经营者的监督，确保他们按照承诺出资。
2. 加强内部管理：医院需要加强内部管理，提高管理效率，减少不必要的人员流失，更新医疗设备，改善建筑物的状况，以提高医院的运营效率。
3. 引入外部投资：医院可以考虑引入外部投资，以解决资金问题，提高医院的运营能力。
4. 建立现代医院管理制度：医院需要建立现代医院管理制度，包括完善法人治理结构，建立科学的决策机制，强化对经营者的监督等，以提高医院的管理效率和经营效益。