工程部年度计划应包括以下内容：

1. 目标定位：明确本部门的职能定位、发展目标及战略布局。
2. 资源整合：整合内部、外部资源，统一本部门的人员配置、物力配备和财力投入。
3. 工作方案：制定部门年度工作方案，包括具体的任务分解、量化目标、考核方式以及协作协调机制。
4. 时间进度：对不同任务进行时间进度的安排，使之与上级总体时间进度保持一致。
5. 运行机制：建立工作执行机制与考核评估机制，保证各阶段工作能够正常开展。
6. 预测风险: 预测可能出现的风险情况并提出对策。