扫描隧道显微镜是一种扫描探针显微术工具，可以让科学家观察和定位单个原子，它具有比它的同类原子力显微镜更加高的分辨率。当原子尺度的针尖在不到一个纳米的高度上扫描样品时，此处电子云重叠，外加一电压(2mV~2V),针尖与样品之间产生隧道效应而有电子逸出，形成隧道 。

扫描隧道显微镜在低温下 (4K)可以利用探针尖部精确操纵原子，因此它在纳米科技既是重要的测量工具又是加工工具。